Medzi nevýhody tohto typu motorov patria nerovnomerné podmienky v prípade emisných limitov oxidu dusíka a pevných častic. Práve tieto pevné častice boli dôvodom spomínanej holandskej štúdie. Skúmal sa vplyv a dopad pevných častic na ľudský organizmus. Pevné častice sa usadzujú v pľúcach a odtiaľ sa môžu dostať do samotného krvného obehu, ktorý ich zanesie do mozgu. Donedávna však nebola preukázaná škodlivosť týchto častic. Podarilo sa to práve spomínanému holandskému týmu. Výskum prebiehal s dobrovoľníkmi, ktorých sledovali v rôznych miestnostiach, kde boli hodinu vystavení pôsobeniu vzduchu s rovnakým množstvom výfukových plynov z naftových motorov, aký sa vyskytuje v mestách. Výskum potvrdil, že vrámci prvej pol hodiny dochádzalo k anomáliám v mozgovej aktivite, ktoré sú typické pre stres. Okrem tohto dopadu naftových motorov pri dlhodobom vdychovaní, majú pevné častice za následok aj respiračné a kardiovaskulárne ochorenia. Pozitívnou stránkou je, že tieto motory prispievajú k zmenšeniu intenzity globálneho oteplovania, ale rovnako poškodzujú živé organizmy ako benzínové motory. Sčasti sa predchádza znečisťovaniu pevnými časticami filtrami, ktoré sa montujú do automobilov, avšak tie zachytia iba tie väčšie častice. Menšie pevné častice filtre prepustia. Aby sa zabránilo pokračujúcemu znečisťovaniu životného prostredia, bude potrebné ešte stále hľadať nové spôsoby a zmeniť myslenie.
